Un regard sur l'analyse des pedigrees et l'ancêtre commun le plus proche Picture

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[Traduit par Judith Gogibus, kennel Selawik River]

Par Le Jerold S Bell, DVM, Ecole vétérinaire Tufts Cummings.

(Cet article à l'origine a été publié dans la rubrique "Healthy Dog" d'avril 2004 de l' AKC Gazette.
Reproduit avec la permission de l'auteur.)

Lorsqu'on veut étudier les facteurs de transmissions héréditaires, on utilise une méthode très courante. Les éleveurs et les experts médicaux comparent de la même manière les pedigrees des chiens atteints ou des chiens porteurs. En faisant cela, on a tendance à rechercher les ancêtres communs et à accuser ces individus d'être porteurs ou d'être les ancêtres à l'origine du gène défectueux.

Cependant cette pratique est fausse et trompeuse. Cette méthode d'analyse ne peut identifier les ascendants qui sont porteurs du gène défectueux. Les porteurs d'un gène défectueux de type récessif ne peuvent être identifiés que si: a) ils ont produit un chiot malade; b) ils sont issus d'un individu malade; ou bien c) s'ils se sont révélés comme porteurs par un test génétique.

La seule façon valable de faire une analyse en recherchant l'ancêtre commun le plus proche est de déterminer le point d'origine du gène défectueux dans la population de la race et par conséquent le moment possible de sa transmission. Cela permet aux éleveurs de déterminer l'ampleur minimale du panel génétique susceptible de porter le gène défectueux et, ceci demande un soutien de la part de la génétique.

Pourquoi veut-on faire cela? C'est simple, lorsqu'on connaît le moment où le gène est apparu dans une race, on peut avoir une idée sur la difficulté de gérer ce gène dans le cheptel. Si tous les chiens atteints ont dans leur pedigree un ancêtre commun qui remonte à une ou deux générations, la mutation pourrait être récente et son contrôle devrait être envisageable. Si l'ancêtre commun le plus proche se trouve être très loin dans le pedigree ou s'il a été importé, ou s'il est l'animal fondateur de la race, alors, le gène sera très répandu et son contrôle difficile.

Une approche différente

Lorsqu'on a à faire à un gène autosomique récessif, le plus proche ancêtre commun est l'ancêtre ou les ancêtres qui sont derrière tous les parents des individus malades. Tous les parents des individus malades sont porteurs et possèdent une copie du gène défectueux. Avec des gènes autosomiques dominants, le plus proche ancêtre commun peut provenir de chacun des individus malades. Mais nous pouvons nous attendre à ce que le reproducteur qui porte le gène défectueux dominant soit atteint. Il y a des gènes dominant qui montrent une pénétrance incomplète. Si on ne peut pas savoir lequel des deux parents a transmis le gène défectueux dominant celui qui est le plus proche dans sa filiation des autres individus atteints indique depuis quand le gène est apparu dans la population.

L'ancêtre commun le plus proche pour un gène récessif lié au chromosome X est celui qui est l'ancêtre commun des mères des mâles atteints, et les deux parents des femelles atteintes.

La production d'un gène défectueux par deux mutations indépendantes pourrait peut-être expliquer l'apparition de deux individus atteints alors qu'ils sont d'une parenté éloignée, mais il est peu probable que la même mutation spontanée puisse se produire deux fois dans la même race dans un court délai. Par conséquent, il est raisonnable de rechercher les ancêtres communs pour tous les chiens qui s'avèrent être malades.

L'analyse de l'ancêtre commun le plus proche met en évidence habituellement un mâle qui a beaucoup reproduit ou une combinaison souvent renouvelée. C'est la raison pour laquelle les individus qui ont beaucoup reproduit deviendront le point de convergence pour établir des relations lors de l'analyse d'un pedigree. Des ancêtres communs seront identifiés comme étant accouplés à des porteurs, ou ayant un "pedigree très rapproché" (la consanguinité la plus proche) avec des ancêtres réellement porteurs et des individus malades.

Remontons en arrière

pedigree map

Ceci est un exemple simple qui montre pourquoi vous ne devez pas supposer
que l'ancêtre commun le plus proche est porteur.
Le mâle 8 et la femelle 9 sont frères et sťurs. Leurs parents, 3 & 4, sont
les ancêtres communs les plus proches qui auraient pu transmettre un gène
récessif à travers les 11 et 12 pour produire le mâle malade 13. Maintenant,
parlons d'un autre cas qui se présente. Pour rendre les choses plus claires,
nous allons lui attribuer une lettre à elle et à ses ascendants.
La femelle E est la soeur de 12 et peut dès lors porter le gène qui provient
de 3 et 4. Cependant, le mâle F n'a pas 3 et 4 comme ancêtre commun et porteur
obligé du gène. Au lieu de cela, l'ancêtre commun le plus proche susceptible
d'être le porteur est maintenant A ou B, par l'intermédiaire de 1, 6 et D.
Comme vous pouvez le voir, ni 3 ni 4 ne sont nécessaires pour expliquer le
statut de chien atteint de 13 et de G. Par conséquent, ils ne sont pas à
l'origine du gène et vraisemblablement pas même porteurs (bien que ceci
ne puisse être prouvé sur base des informations reçues). De plus, les frère
et soeur 8 et 9 ne sont pas suspectés (à ce stade) d'être porteurs. Des chiens
atteints supplémentaires pourraient permettre de trouver/orienter la découverte
de l'ancêtre commun le plus proche dans une autre direction.

Des individus malades supplémentaires peuvent changer l'ancêtre commun le plus proche pour un autre qui se trouve encore plus loin, par conséquent cela repousse encore plus loin l'origine de l'apparition du gène. L'ajout de chaque cas confirmé de chien malade peut dynamiquement modifier l'ancêtre commun le plus proche et les configurations du pedigree. Il se peut même qu'alors les ancêtres précédents ne puissent pas être inclus dans la nouvelle voie (voir le schéma ci-dessous). Donc, l'identification et la publication des ancêtres communs les plus proches peut-être plus préjudiciable qu'utile. Des accusations sans fondement de potentiels porteurs à partir d'une telle analyse peuvent causer la stérilisation et la castration d'animaux ayant des qualités pour l'élevage et influencer d'une manière négative les éleveurs et la race.

Une race n'est pas améliorée parce qu'on se focalise sur les ascendants, qui pourraient ou non être porteurs. Ils sont en général si loin dans le pedigree que leur influence sur la race ne peut plus être modifiée. Pour tenter de gérer les maladies génétiques on doit se tourner vers l'élevage des chiens actuels. Le dépistage génétique ou l'analyse du risque potentiel fondée sur des registres sanitaires officiels (tel que CHIC, que l'on trouve sur ce site www.caninehealthinfo.org), fournissent un outil de sélection de poids pour lutter contre les gènes défectueux.




pedigree map

Voici le pedigree d'un désordre génétique autosomique récessif lié à une race. Les lignes horizontales relient le symbole du mâle et de la femelle accouplés sur le côté; les descendants sont reliés par des lignes verticales lignes qui partent du haut du symbole. Les chiens atteints ont toujours des parents porteurs (ou atteints), et tous les descendants sont porteurs. Les ancêtres communs les plus proches pour ce gène montrent que le gène est ancien et répandu dans la population.